La tarea del arqueólogo no termina en el campo sino que continúa en el gabinete o laboratorio donde todo el material recuperado es procesado y analizado para clasificarlo e inventariarlo. Este estudio cuantitativo implica un trabajo lento que requiere paciencia y dedicación, pero es esencial para poder efectuar análisis cualitativos que permitan interpretar la evidencia arqueológica recuperada.
Como requisito curricular los alumnos deben realizar prácticas de manejo y conservación de colecciones en el laboratorio de arqueología del INCUAPA. Personal especializado entrena, coordina y supervisa a los estudiantes en tareas de limpieza y acondicionamiento del material arqueológico, paleontológico y zoológico, tratamientos de conservación y remontaje de fragmentos a su pieza original y clasificación de colecciones.
En el curso teórico-práctico de “Conservación y manejo de colecciones arqueológicas, paleontológicas y zoológicas” se introduce a los estudiantes en los métodos y las técnicas para procesar y conservar los materiales que provienen de sitios arqueológicos y paleontológicos y en la generación de muestras de referencia de fauna actual.
A partir del año 2000, se realizan actividades de conservación in situ durante las campañas arqueológicas mediante la utilización de un laboratorio de campo móvil especialmente diseñado  para procesar los materiales recuperados y realizarles los primeros auxilios en materia de conservación.