Las colecciones que se encuentran en custodia en el INCUAPA, así como los materiales arqueológicos procesados en el laboratorio, son guardados en el Depósito de Colecciones especialmente creado para tal fin. Este espacio cumple con los estándares internacionales exigidos para la conservación de colecciones de esta naturaleza, a saber:
- Todos los elementos están protegidos de la luz ultravioleta y se encuentran en un ambiente controlado con condiciones estables de temperatura y humedad. El material se guarda en cajas libres de ácido y de lignina.
- Para el acondicionamiento de los materiales dentro de las cajas se utilizan bolsas plásticas de polietileno, láminas de espuma de polietileno de diferentes espesores, papel con reserva alcalina o de pH neutro, papel tissue de pH neutro.
- Las estructuras de almacenamiento son metálicas y móviles sobre rieles brindando mayor capacidad de almacenamiento y mejor protección del medio externo.